Bioinformatique : algorithmes et génomes
- Durée : 5 jours
- Effort : 0 minute
- Rythme: ~5 minutes/jour
Description
Dans ce cours, nous verrons comment l’informatique permet d’interpréter le texte des génomes. Doté d’algorithmes adaptés, mis en œuvre sous forme de programmes efficaces, l’ordinateur produit des prédictions quant à la localisation des milliers de gènes d’un organisme vivant et les fonctions que remplissent les protéines qu’ils codent.
Format
Cours composé de 5 modules ou semaines : chaque semaine est composée de 10 séquences contenant chacune une vidéo, soit une dizaine de vidéos d'environ 6 minutes.
Des quiz sont associés aux séquences, ainsi que des supports de cours et des activités ou informations complémentaires.
Prérequis
Une culture scientifique de niveau bac scientifique facilitera la compréhension des notions abordées.
Vous n’êtes pas biologiste ? Ce cours vous apportera les connaissances nécessaires à la compréhension des entités et phénomènes biologiques impliqués : cellule, chromosome, ADN, génome, gènes, transcription, traduction, code génétique, protéines, tous ces termes et d’autres encore vous seront expliqués dans ce contexte de l’interprétation des génomes par des moyens informatiques.
Vous n’êtes pas informaticien ? Ce cours se veut simultanément une introduction à l’algorithmique sur des séquences de caractères. Recherche de motifs, similarité de séquences, chaînes de Markov, reconstruction d’arbres phylogénétiques. Les algorithmes de base impliqués dans ces démarches seront présentés.
Vous n’êtes ni biologiste, ni informaticien ? Ce cours est une opportunité pour aborder conjointement la génomique et l’algorithmique, ou si vous préférez, l’algorithmique et la génomique…
Evaluation et Certification
Des quiz hebdomadaires
Plan de cours
Semaine 1 : ADN et séquences génomiques
Semaine 2 : Gènes et protéines
Semaine 3 : Prédiction des gènes
Semaine 4 : Comparaison de séquences
Semaine 5 : Arbres phylogénétiques
Semaine 2 : Gènes et protéines
Semaine 3 : Prédiction des gènes
Semaine 4 : Comparaison de séquences
Semaine 5 : Arbres phylogénétiques
Équipe pédagogique
FRANÇOIS RECHENMANN
Catégories
Il bénéficie d’une expérience de plus de 30 ans de recherche en bioinformatique chez Inria, plus particulièrement au sein des équipes Helix.
THIERRY PARMENTELAT
Catégories
Ingénieur de recherche chez Inria. Il utilise Python depuis plus de 10 ans pour ses travaux de recherche.
Établissements
Crédits
Ce cours a été réalisé par Inria dans le cadre du projet IDEFI uTOP - Université de Technologie Ouverte Pluri-partenaires - contrat PIA ANR-11-IDEFI-0037.
Crédits photos :
Vignette vidéo : © rolffimages - Fotolia.com
Photo F. Rechenmann : © Inria - Vanessa Peregrin