2015-2016: l'Agence Nationale de la Recherche, programme "Investissement d'avenir", référence ANR-10-LABX-001-01 Labex Agro, via Agropolis Fondation, pour la construction et la première saison du cours.
Chimiometrie chapitre 1/2 : les méthodes non supervisées
- Durée : 6 semaines
- Effort : 7 heures/semaine
Ce que vous allez apprendre
À la fin de ce cours, vous serez capable de :
- appliquer le savoir-faire nécessaire pour traiter vos propres données.
Description
Peut-on estimer la composition chimique d'un échantillon en quelques secondes et sans le toucher ? Identifier son origine ? Oui ! C'est possible, en réalisant l'acquisition d'un spectre de l'échantillon et son traitement avec des outils de chimiométrie.
Ce cours est destiné à vous rendre autonome en chimiométrie. Mais le contenu est dense! C'est pourquoi le cours a été divisé en deux chapitres. Le présent chapitre, le premier, porte sur les méthodes non supervisées. Vous aurez quelques mois pour assimiler son contenu. Ensuite, le second chapitre, pour lequel il faudra vous re-inscrire sur FUN, portera sur les méthodes supervisées et la validation de méthodes analytiques. Le teaser ci-dessus donne plus de détails sur le contenu.
Ce cours est orienté vers les applications de spectrométrie proche infrarouge, les plus répandues. Toutefois, la chimiométrie est ouverte à d'autres domaines spectraux : moyen infrarouge, ultraviolet, visible, fluorescence ou Raman, ainsi qu'à bien d'autres applications non spectrales. Donc pourquoi pas dans votre domaine ?
Vous appliquerez vos connaissances en réalisant nos exercices d'application grâce au logiciel ChemFlow, gratuit et accessible via un simple navigateur internet depuis un ordinateur ou un smartphone. ChemFlow a été concu pour être aussi convivial et intuitif que possible. Ainsi, il ne nécessite aucune connaissance en programmation.
Bienvenue dans le monde fascinant de la chimiométrie.
Format
La durée totale de ce chapitre est de 7 semaines: une semaine d'introduction suivie de 6 semaines de cours.
Vous découvrirez deux méthodes de chimiométrie par semaine.
Le cours est proposé sous la forme de vidéos, repris dans un fichier pdf détaillé.
Pour chacune des méthodes présentées vous pourrez :
- tester vos connaissances avec un quiz ;
- les mettre en application avec un exercice en utilisant ChemFlow ou votre propre outil de chimiométrie .
Prérequis
être francophone : le cours est en Français, toutefois le logiciel ChemFlow est accessible en Français et en Anglais
niveau Bac+2 en sciences ou déjà une expérience pratique en spectroscopie ou chimiométrie.
Ce cours s'adresse aux personnes pour lesquelles les mots « spectroscopie », « chimiométrie » ou « analyse de données multivariées » sont déjà connus et suscitent un intérêt; qu'elles soient :
- étudiants, pour une remise à niveau avant leur entrée en master ou en thèse impliquant la chimiométrie;
- étudiants en mathématiques intéressés par des applications pratiques à l'algèbre matricielle;
- stagiaires, niveau master/ingénieur, ou étudiants en thèse, ayant besoin d'utiliser ponctuellement des outils de chimiométrie;
- techniciens utilisateurs de spectromètres, souhaitant mieux comprendre les traitements de leurs données;
- ingénieurs ou chercheurs développant des méthodes rapides d'analyse, au laboratoire comme sur le terrain.
Evaluation et Certification
L'évaluation se fera par des quiz à l'issue de chaque grain (30% de la note finale) et par un exercice de mise en application de plusieurs méthodes évoquées dans le cours (70% de la note finale).
Plan de cours
- - Présentation du mooc
- Prise en main de la plateforme FUN
- Découverte du logiciel ChemFlow
- Introduction à la chimiométrie avec quelques définitions
- - Statistiques simples
- ACP (1/2)
- - ACP (2/2)
- Prétraitements (1/2)
- - Classification non supervisée
- Prétraitements (2/2)
- - Décomposition spectrale (démélange)
- Analyse en composantes indépendantes
- Données N-way: méthode PARAFAC
- - Données multiblocs: introduction
- Méthode multiblocs, méthode ACOM
- - Méthode multiblocs, méthode ACCPS
- Méthode multiblocs, méthode STATIS
Équipe pédagogique
JULIEN BOCCARD
Collaborateur scientifique au sein du laboratoire des Sciences Analytiques de l’Université de Genève.
JEAN-CLAUDE BOULET
Ingénieur de recherche à l'INRA de Montpellier, UMR1083 Sciences Pour l'Oenologie.
MAX FEINBERG
Ancien directeur de recherche à l’INRA à la retraite. Max Feinberg fut un initiateur de la chimiométrie en France à la fin des années 70.
ERIC LATRILLE
Ingénieur de recherche à l'INRA au Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement à Narbonne.
CHRISTOPHE LEBEGUE
Responsable formation SupAgro INRA à Montpellier. Christophe Lebègue est spécialiste en ingénierie de formation et pédagogie.
CHRISTELLE REYNES
Ingénieur agronome et maître de conférences en biostatistiques à l'Université de Montpellier, rattachée à l'Institut de Génomique Fonctionnelle.
JEAN-MICHEL ROGER
Ingénieur IPEF à IRSTEA de Montpellier, UMR ITAP. Jean-Michel Roger est spécialiste en robustesse des étalonnages.
VIRGINIE ROSSARD
Assistant Ingénieur à l'INRA au Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement à Narbonne.
SERGE RUDAZ
Docteur en pharmacie. Serge Rudaz développe de nouvelles stratégies analytiques pour les sciences pharmaceutiques.
DOUGLAS RUTLEDGE
Professeur de Chimie Analytique à AgroParisTech. Douglas Rutledge enseigne la spectroscopie et la chimiométrie.
CÉCILE TREDANIEL
Ingénieur pédagogique à l'INRA de Montpellier. Cécile Trédaniel est spécialisée dans la coordination de projets coopératifs.
Établissements
Financement
Ce cours a été financé par :
2019: l'entreprise PellencST (www.pellencst.com), pour la saison 4.
2017-2019: l'INRA, via la Formation Permanente, pour les saisons 2, 3 et 4.
